Mcp シンプル パブメド

MCPシンプルPubMedとは？

MCPシンプルPubMedは、PubMedの医学論文および研究データベースを検索・照会するために設計された強力なサーバーです。研究者、医療専門家、学生が関連する研究や記事を見つけやすくするために、膨大な医学文献のリポジトリに効率的にアクセスできる方法を提供します。

MCPシンプルPubMedの特徴

• ユーザーフレンドリーなインターフェース：プラットフォームはシンプルさを考慮して設計されており、ユーザーが簡単にナビゲートし、必要な情報を手間なく見つけることができます。
• 包括的な検索機能：ユーザーは、出版日、著者、キーワードなどの特定の基準に基づいて結果を絞り込むために、さまざまなフィルターを使用して詳細な検索を行うことができます。
• フルテキストへのアクセス：MCPシンプルPubMedは、検索結果から直接研究論文の完全なテキストにアクセスできるリンクを提供することがよくあります。
• 定期的な更新：データベースは最新の研究成果を含むように頻繁に更新されており、ユーザーは最新の情報にアクセスできます。
• オープンアクセス：公共のリポジトリとして、MCPシンプルPubMedは、誰でもサブスクリプション料金なしでリソースを検索・アクセスできるようにしています。

MCPシンプルPubMedの使い方

1. ウェブサイトにアクセス：MCPシンプルPubMedのウェブサイトに行き、検索インターフェースにアクセスします。
2. 検索用語を入力：関連するキーワード、フレーズ、または著者名を検索バーに入力してクエリを開始します。
3. フィルターを適用：利用可能なフィルターを使用して、出版日、記事の種類、その他の基準に基づいて検索結果を絞り込みます。
4. 結果を確認：検索基準に一致する記事のリストを閲覧します。タイトルをクリックして要約やフルテキストを表示します。
5. 保存または共有：検索結果を保存したり、同僚と共有してさらなる議論やコラボレーションを行うことができます。

よくある質問

Q: MCPシンプルPubMedは無料で使用できますか？

A: はい、MCPシンプルPubMedは公共のリソースであり、すべてのユーザーが無料でアクセスできます。

Q: データベースはどのくらいの頻度で更新されますか？

A: データベースは最新の研究記事や出版物を含むように定期的に更新されます。

Q: MCPシンプルPubMedを通じてフルテキストの記事にアクセスできますか？

A: はい、多くの記事がフルテキストへのリンクを提供しており、ユーザーは完全な研究を読むことができます。

Q: MCPシンプルPubMedではどのような種類の記事を見つけることができますか？

A: 臨床研究、レビュー、メタアナリシス、ケースレポートなど、さまざまな医学分野にわたる幅広い記事を見つけることができます。

Q: MCPシンプルPubMedのサポートに連絡するにはどうすればよいですか？

A: サポートや問い合わせについては、通常、ウェブサイトやヘルプセクションに連絡先情報が記載されています。

MCP Simple PubMed

An MCP server that provides access to PubMed articles through the Entrez API.

<a href="https://glama.ai/mcp/servers/5wlfb8i6bj"><img width="380" height="200" src="https://glama.ai/mcp/servers/5wlfb8i6bj/badge" alt="mcp-simple-pubmed MCP server" /></a>

Features

• Search PubMed database using keywords
• Access article abstracts
• Download full text when available (for open access articles available directly on PubMed)

Please note that the tool returns XML-ized version of full text. It is however more useful for AIs than a "human readable" text would have been as it gives them additional information about document's structure. At least, this is what Claude 3.5 Sonnet said he prefers.

Please also note that inability of this tool and possibly other tools to deliver a paper's full text may not be due to the fact that it is not available. When testing this tool I came across a paper that did not have full text on PubMed and when Claude accessed the publication URL (which we did get through DOI) using fetch he did get a "forbidden” error. However, I was able to access the very same page using a regular browser.

In other words if your AI assistant is not able to get the full text of a paper using this tool it is worth trying manually with a regular web browser.

Finally, this tool of course can’t give you access to paywalled/paid papers. You may be able to read them through your library access or – as a last resort – through a certain site that strives to make publicly funded research freely available.

Installation

Installing via Smithery

To install Simple PubMed for Claude Desktop automatically via Smithery:

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Manual Installation

pip install mcp-simple-pubmed

Configuration

The server requires the following environment variables:

• PUBMED_EMAIL: Your email address (required by NCBI)
• PUBMED_API_KEY: Optional API key for higher rate limits

The standard rate limit is 3 requests / second. No rate limiting was implemented, as it is highly unlikely in the typical usage scenario that your AI would generate more traffic. If you need it, you can register for an API key which will give you 10 requests / second. Read about this on NCBI pages.

Usage with Claude Desktop

Add to your Claude Desktop configuration (claude_desktop_config.json):

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

(Windows)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

macOS SSL Certificate Fix

If you encounter SSL certificate verification errors on macOS (such as [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain), you need to install the proper certificate bundle:

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

Replace 3.13 with your Python version number. This script comes with Python installations from python.org.

You can also run it from the Finder:

If you perform this change while Claude Desktop is open you will need to quit it and start it again for it to take effect.

License

MIT License