Mcp Simple Pubmed

Aperçu

Qu'est-ce que MCP Simple PubMed ?

MCP Simple PubMed est un serveur puissant conçu pour rechercher et interroger la base de données des articles médicaux et de recherche de PubMed. Il offre aux utilisateurs un moyen efficace d'accéder à un vaste répertoire de littérature médicale, facilitant ainsi la recherche d'études et d'articles pertinents pour les chercheurs, les professionnels de la santé et les étudiants.

Caractéristiques de MCP Simple PubMed

Interface conviviale : La plateforme est conçue dans un souci de simplicité, permettant aux utilisateurs de naviguer facilement et de trouver les informations dont ils ont besoin sans tracas.
Capacités de recherche complètes : Les utilisateurs peuvent effectuer des recherches détaillées en utilisant divers filtres pour affiner les résultats en fonction de critères spécifiques tels que la date de publication, l'auteur et les mots-clés.
Accès aux textes intégraux : MCP Simple PubMed fournit souvent des liens vers des articles en texte intégral, permettant aux utilisateurs d'accéder directement aux recherches complètes à partir des résultats de recherche.
Mises à jour régulières : La base de données est fréquemment mise à jour pour inclure les dernières découvertes de recherche, garantissant que les utilisateurs ont accès aux informations les plus récentes disponibles.
Accès libre : En tant que dépôt public, MCP Simple PubMed permet à quiconque de rechercher et d'accéder à ses ressources sans frais d'abonnement.

Comment utiliser MCP Simple PubMed

Visitez le site Web : Allez sur le site Web de MCP Simple PubMed pour accéder à l'interface de recherche.
Entrez les termes de recherche : Saisissez des mots-clés, des phrases ou des noms d'auteurs pertinents dans la barre de recherche pour commencer votre requête.
Appliquez des filtres : Utilisez les filtres disponibles pour affiner vos résultats de recherche en fonction de la date de publication, du type d'article ou d'autres critères.
Examinez les résultats : Parcourez la liste des articles correspondant à vos critères de recherche. Cliquez sur les titres pour voir les résumés ou les textes intégraux lorsque disponibles.
Enregistrez ou partagez : Vous pouvez enregistrer vos résultats de recherche ou les partager avec des collègues pour une discussion ou une collaboration ultérieure.

Questions Fréquemment Posées

Q : MCP Simple PubMed est-il gratuit à utiliser ?

R : Oui, MCP Simple PubMed est une ressource publique et est gratuite d'accès pour tous les utilisateurs.

Q : À quelle fréquence la base de données est-elle mise à jour ?

R : La base de données est mise à jour régulièrement pour inclure les derniers articles de recherche et publications.

Q : Puis-je accéder à des articles en texte intégral via MCP Simple PubMed ?

R : Oui, de nombreux articles fournissent des liens vers leurs textes intégraux, permettant aux utilisateurs de lire les études complètes.

Q : Quels types d'articles puis-je trouver dans MCP Simple PubMed ?

R : Vous pouvez trouver une large gamme d'articles, y compris des études cliniques, des revues, des méta-analyses et des rapports de cas dans divers domaines médicaux.

Q : Comment puis-je contacter le support pour MCP Simple PubMed ?

R : Pour le support ou les demandes, vous pouvez généralement trouver des informations de contact sur le site Web ou dans la section d'aide.

Détail

An MCP server that provides access to PubMed articles through the Entrez API.

Features

Search PubMed database using keywords
Access article abstracts
Download full text when available (for open access articles available directly on PubMed)

Please note that the tool returns XML-ized version of full text. It is however more useful for AIs than a "human readable" text would have been as it gives them additional information about document's structure. At least, this is what Claude 3.5 Sonnet said he prefers.

Please also note that inability of this tool and possibly other tools to deliver a paper's full text may not be due to the fact that it is not available. When testing this tool I came across a paper that did not have full text on PubMed and when Claude accessed the publication URL (which we did get through DOI) using fetch he did get a "forbidden” error. However, I was able to access the very same page using a regular browser.

In other words if your AI assistant is not able to get the full text of a paper using this tool it is worth trying manually with a regular web browser.

Finally, this tool of course can’t give you access to paywalled/paid papers. You may be able to read them through your library access or – as a last resort – through a certain site that strives to make publicly funded research freely available.

Installation

Installing via Smithery

To install Simple PubMed for Claude Desktop automatically via Smithery:

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Manual Installation

pip install mcp-simple-pubmed

Configuration

The server requires the following environment variables:

PUBMED_EMAIL: Your email address (required by NCBI)
PUBMED_API_KEY: Optional API key for higher rate limits

The standard rate limit is 3 requests / second. No rate limiting was implemented, as it is highly unlikely in the typical usage scenario that your AI would generate more traffic. If you need it, you can register for an API key which will give you 10 requests / second. Read about this on NCBI pages.

Usage with Claude Desktop

Add to your Claude Desktop configuration (claude_desktop_config.json):

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

(Windows)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

macOS SSL Certificate Fix

If you encounter SSL certificate verification errors on macOS (such as [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain), you need to install the proper certificate bundle:

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

Replace 3.13 with your Python version number. This script comes with Python installations from python.org.

You can also run it from the Finder:

If you perform this change while Claude Desktop is open you will need to quit it and start it again for it to take effect.

License

MIT License

{ "mcpServers": { "mcp-simple-pubmed": { "command": "docker", "args": [ "run", "-i", "--rm", "ghcr.io/metorial/mcp-container--andybrandt--mcp-simple-pubmed--mcp-simple-pubmed", "mcp-simple-pubmed" ], "env": { "PUBMED_EMAIL": "pubmed-email", "PUBMED_API_KEY": "pubmed-api-key" } } } }