Mcp Simple Pubmed

Что такое MCP Simple PubMed?

MCP Simple PubMed — это мощный сервер, предназначенный для поиска и запроса медицинских статей и исследовательских данных в базе данных PubMed. Он предоставляет пользователям эффективный способ доступа к обширному репозиторию медицинской литературы, что упрощает исследователям, медицинским работникам и студентам поиск актуальных исследований и статей.

Особенности MCP Simple PubMed

• Удобный интерфейс: Платформа разработана с учетом простоты, позволяя пользователям легко ориентироваться и находить нужную информацию без лишних усилий.
• Всеобъемлющие возможности поиска: Пользователи могут выполнять детальные поиски, используя различные фильтры для уточнения результатов на основе конкретных критериев, таких как дата публикации, автор и ключевые слова.
• Доступ к полным текстам: MCP Simple PubMed часто предоставляет ссылки на полные тексты статей, позволяя пользователям получать доступ к полным исследованиям непосредственно из результатов поиска.
• Регулярные обновления: База данных часто обновляется, чтобы включать последние результаты исследований, обеспечивая пользователей самой актуальной информацией.
• Открытый доступ: Как публичный репозиторий, MCP Simple PubMed позволяет любому искать и получать доступ к своим ресурсам без каких-либо подписных сборов.

Как использовать MCP Simple PubMed

1. Посетите веб-сайт: Перейдите на сайт MCP Simple PubMed, чтобы получить доступ к интерфейсу поиска.
2. Введите поисковые термины: Введите соответствующие ключевые слова, фразы или имена авторов в строку поиска, чтобы начать ваш запрос.
3. Примените фильтры: Используйте доступные фильтры для уточнения результатов поиска на основе даты публикации, типа статьи или других критериев.
4. Просмотрите результаты: Просмотрите список статей, соответствующих вашим критериям поиска. Нажмите на заголовки, чтобы просмотреть аннотации или полные тексты, если они доступны.
5. Сохраните или поделитесь: Вы можете сохранить результаты поиска или поделиться ими с коллегами для дальнейшего обсуждения или сотрудничества.

Часто задаваемые вопросы

В: MCP Simple PubMed бесплатен для использования?

О: Да, MCP Simple PubMed является публичным ресурсом и доступен бесплатно для всех пользователей.

В: Как часто обновляется база данных?

О: База данных обновляется регулярно, чтобы включать последние исследовательские статьи и публикации.

В: Могу ли я получить доступ к полным текстам статей через MCP Simple PubMed?

О: Да, многие статьи предоставляют ссылки на свои полные тексты, позволяя пользователям читать полные исследования.

В: Какие типы статей я могу найти в MCP Simple PubMed?

О: Вы можете найти широкий спектр статей, включая клинические исследования, обзоры, мета-анализы и клинические случаи в различных медицинских областях.

В: Как я могу связаться с поддержкой MCP Simple PubMed?

О: Для поддержки или запросов вы обычно можете найти контактную информацию на сайте или в разделе помощи.

MCP Simple PubMed

An MCP server that provides access to PubMed articles through the Entrez API.

<a href="https://glama.ai/mcp/servers/5wlfb8i6bj"><img width="380" height="200" src="https://glama.ai/mcp/servers/5wlfb8i6bj/badge" alt="mcp-simple-pubmed MCP server" /></a>

Features

• Search PubMed database using keywords
• Access article abstracts
• Download full text when available (for open access articles available directly on PubMed)

Please note that the tool returns XML-ized version of full text. It is however more useful for AIs than a "human readable" text would have been as it gives them additional information about document's structure. At least, this is what Claude 3.5 Sonnet said he prefers.

Please also note that inability of this tool and possibly other tools to deliver a paper's full text may not be due to the fact that it is not available. When testing this tool I came across a paper that did not have full text on PubMed and when Claude accessed the publication URL (which we did get through DOI) using fetch he did get a "forbidden” error. However, I was able to access the very same page using a regular browser.

In other words if your AI assistant is not able to get the full text of a paper using this tool it is worth trying manually with a regular web browser.

Finally, this tool of course can’t give you access to paywalled/paid papers. You may be able to read them through your library access or – as a last resort – through a certain site that strives to make publicly funded research freely available.

Installation

Installing via Smithery

To install Simple PubMed for Claude Desktop automatically via Smithery:

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Manual Installation

pip install mcp-simple-pubmed

Configuration

The server requires the following environment variables:

• PUBMED_EMAIL: Your email address (required by NCBI)
• PUBMED_API_KEY: Optional API key for higher rate limits

The standard rate limit is 3 requests / second. No rate limiting was implemented, as it is highly unlikely in the typical usage scenario that your AI would generate more traffic. If you need it, you can register for an API key which will give you 10 requests / second. Read about this on NCBI pages.

Usage with Claude Desktop

Add to your Claude Desktop configuration (claude_desktop_config.json):

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

(Windows)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

macOS SSL Certificate Fix

If you encounter SSL certificate verification errors on macOS (such as [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain), you need to install the proper certificate bundle:

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

Replace 3.13 with your Python version number. This script comes with Python installations from python.org.

You can also run it from the Finder:

If you perform this change while Claude Desktop is open you will need to quit it and start it again for it to take effect.

License

MIT License