Mcp Simple Pubmed

Panoramica

Che cos'è MCP Simple PubMed?

MCP Simple PubMed è un potente server progettato per cercare e interrogare il database di articoli e ricerche mediche di PubMed. Fornisce agli utenti un modo efficiente per accedere a un vasto repository di letteratura medica, rendendo più facile per ricercatori, professionisti della salute e studenti trovare studi e articoli pertinenti.

Caratteristiche di MCP Simple PubMed

Interfaccia Facile da Usare: La piattaforma è progettata con la semplicità in mente, consentendo agli utenti di navigare facilmente e trovare le informazioni di cui hanno bisogno senza alcun problema.
Capacità di Ricerca Completa: Gli utenti possono eseguire ricerche dettagliate utilizzando vari filtri per restringere i risultati in base a criteri specifici come data di pubblicazione, autore e parole chiave.
Accesso ai Testi Completi: MCP Simple PubMed fornisce spesso link a articoli a testo completo, consentendo agli utenti di accedere direttamente ai documenti di ricerca completi dai risultati di ricerca.
Aggiornamenti Regolari: Il database viene aggiornato frequentemente per includere le ultime scoperte di ricerca, garantendo che gli utenti abbiano accesso alle informazioni più attuali disponibili.
Accesso Aperto: In quanto repository pubblico, MCP Simple PubMed consente a chiunque di cercare e accedere alle sue risorse senza alcun costo di abbonamento.

Come Utilizzare MCP Simple PubMed

Visita il Sito Web: Vai al sito web di MCP Simple PubMed per accedere all'interfaccia di ricerca.
Inserisci i Termini di Ricerca: Immetti parole chiave, frasi o nomi di autori pertinenti nella barra di ricerca per iniziare la tua query.
Applica Filtri: Utilizza i filtri disponibili per affinare i risultati della tua ricerca in base a data di pubblicazione, tipo di articolo o altri criteri.
Rivedi i Risultati: Sfoglia l'elenco degli articoli che corrispondono ai tuoi criteri di ricerca. Clicca sui titoli per visualizzare gli abstract o i testi completi dove disponibili.
Salva o Condividi: Puoi salvare i risultati della tua ricerca o condividerli con i colleghi per ulteriori discussioni o collaborazioni.

Domande Frequenti

D: MCP Simple PubMed è gratuito da usare?

R: Sì, MCP Simple PubMed è una risorsa pubblica ed è gratuita per tutti gli utenti.

D: Con quale frequenza viene aggiornato il database?

R: Il database viene aggiornato regolarmente per includere i più recenti articoli di ricerca e pubblicazioni.

D: Posso accedere agli articoli a testo completo tramite MCP Simple PubMed?

R: Sì, molti articoli forniscono link ai loro testi completi, consentendo agli utenti di leggere gli studi completi.

D: Quali tipi di articoli posso trovare in MCP Simple PubMed?

R: Puoi trovare una vasta gamma di articoli, inclusi studi clinici, revisioni, meta-analisi e rapporti di casi in vari campi medici.

D: Come posso contattare il supporto per MCP Simple PubMed?

R: Per supporto o domande, puoi solitamente trovare informazioni di contatto sul sito web o nella sezione di aiuto.

Dettaglio

An MCP server that provides access to PubMed articles through the Entrez API.

Features

Search PubMed database using keywords
Access article abstracts
Download full text when available (for open access articles available directly on PubMed)

Please note that the tool returns XML-ized version of full text. It is however more useful for AIs than a "human readable" text would have been as it gives them additional information about document's structure. At least, this is what Claude 3.5 Sonnet said he prefers.

Please also note that inability of this tool and possibly other tools to deliver a paper's full text may not be due to the fact that it is not available. When testing this tool I came across a paper that did not have full text on PubMed and when Claude accessed the publication URL (which we did get through DOI) using fetch he did get a "forbidden” error. However, I was able to access the very same page using a regular browser.

In other words if your AI assistant is not able to get the full text of a paper using this tool it is worth trying manually with a regular web browser.

Finally, this tool of course can’t give you access to paywalled/paid papers. You may be able to read them through your library access or – as a last resort – through a certain site that strives to make publicly funded research freely available.

Installation

Installing via Smithery

To install Simple PubMed for Claude Desktop automatically via Smithery:

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Manual Installation

pip install mcp-simple-pubmed

Configuration

The server requires the following environment variables:

PUBMED_EMAIL: Your email address (required by NCBI)
PUBMED_API_KEY: Optional API key for higher rate limits

The standard rate limit is 3 requests / second. No rate limiting was implemented, as it is highly unlikely in the typical usage scenario that your AI would generate more traffic. If you need it, you can register for an API key which will give you 10 requests / second. Read about this on NCBI pages.

Usage with Claude Desktop

Add to your Claude Desktop configuration (claude_desktop_config.json):

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

(Windows)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

macOS SSL Certificate Fix

If you encounter SSL certificate verification errors on macOS (such as [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain), you need to install the proper certificate bundle:

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

Replace 3.13 with your Python version number. This script comes with Python installations from python.org.

You can also run it from the Finder:

If you perform this change while Claude Desktop is open you will need to quit it and start it again for it to take effect.

License

MIT License

{ "mcpServers": { "mcp-simple-pubmed": { "command": "docker", "args": [ "run", "-i", "--rm", "ghcr.io/metorial/mcp-container--andybrandt--mcp-simple-pubmed--mcp-simple-pubmed", "mcp-simple-pubmed" ], "env": { "PUBMED_EMAIL": "pubmed-email", "PUBMED_API_KEY": "pubmed-api-key" } } } }