Mcp Simple Pubmed

Resumen

¿Qué es MCP Simple PubMed?

MCP Simple PubMed es un servidor potente diseñado para buscar y consultar la base de datos de artículos médicos e investigaciones de PubMed. Proporciona a los usuarios una forma eficiente de acceder a un vasto repositorio de literatura médica, facilitando a investigadores, profesionales de la salud y estudiantes encontrar estudios y artículos relevantes.

Características de MCP Simple PubMed

Interfaz Amigable: La plataforma está diseñada con la simplicidad en mente, permitiendo a los usuarios navegar fácilmente y encontrar la información que necesitan sin complicaciones.
Capacidades de Búsqueda Comprensivas: Los usuarios pueden realizar búsquedas detalladas utilizando varios filtros para reducir los resultados según criterios específicos como fecha de publicación, autor y palabras clave.
Acceso a Textos Completos: MCP Simple PubMed a menudo proporciona enlaces a artículos de texto completo, permitiendo a los usuarios acceder a los documentos de investigación completos directamente desde los resultados de búsqueda.
Actualizaciones Regulares: La base de datos se actualiza con frecuencia para incluir los últimos hallazgos de investigación, asegurando que los usuarios tengan acceso a la información más actual disponible.
Acceso Abierto: Como un repositorio público, MCP Simple PubMed permite a cualquier persona buscar y acceder a sus recursos sin tarifas de suscripción.

Cómo Usar MCP Simple PubMed

Visita el Sitio Web: Ve al sitio web de MCP Simple PubMed para acceder a la interfaz de búsqueda.
Ingresa Términos de Búsqueda: Introduce palabras clave, frases o nombres de autores relevantes en la barra de búsqueda para comenzar tu consulta.
Aplica Filtros: Utiliza los filtros disponibles para refinar los resultados de búsqueda según la fecha de publicación, tipo de artículo u otros criterios.
Revisa Resultados: Navega por la lista de artículos que coinciden con tus criterios de búsqueda. Haz clic en los títulos para ver resúmenes o textos completos donde estén disponibles.
Guarda o Comparte: Puedes guardar tus resultados de búsqueda o compartirlos con colegas para una discusión o colaboración adicional.

Preguntas Frecuentes

P: ¿Es MCP Simple PubMed gratuito?

R: Sí, MCP Simple PubMed es un recurso público y es gratuito para todos los usuarios.

P: ¿Con qué frecuencia se actualiza la base de datos?

R: La base de datos se actualiza regularmente para incluir los últimos artículos de investigación y publicaciones.

P: ¿Puedo acceder a artículos de texto completo a través de MCP Simple PubMed?

R: Sí, muchos artículos proporcionan enlaces a sus textos completos, permitiendo a los usuarios leer los estudios completos.

P: ¿Qué tipos de artículos puedo encontrar en MCP Simple PubMed?

R: Puedes encontrar una amplia gama de artículos, incluidos estudios clínicos, revisiones, metaanálisis e informes de casos en varios campos médicos.

P: ¿Cómo puedo contactar al soporte de MCP Simple PubMed?

R: Para soporte o consultas, generalmente puedes encontrar información de contacto en el sitio web o a través de la sección de ayuda.

Detalle

An MCP server that provides access to PubMed articles through the Entrez API.

Features

Search PubMed database using keywords
Access article abstracts
Download full text when available (for open access articles available directly on PubMed)

Please note that the tool returns XML-ized version of full text. It is however more useful for AIs than a "human readable" text would have been as it gives them additional information about document's structure. At least, this is what Claude 3.5 Sonnet said he prefers.

Please also note that inability of this tool and possibly other tools to deliver a paper's full text may not be due to the fact that it is not available. When testing this tool I came across a paper that did not have full text on PubMed and when Claude accessed the publication URL (which we did get through DOI) using fetch he did get a "forbidden” error. However, I was able to access the very same page using a regular browser.

In other words if your AI assistant is not able to get the full text of a paper using this tool it is worth trying manually with a regular web browser.

Finally, this tool of course can’t give you access to paywalled/paid papers. You may be able to read them through your library access or – as a last resort – through a certain site that strives to make publicly funded research freely available.

Installation

Installing via Smithery

To install Simple PubMed for Claude Desktop automatically via Smithery:

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Manual Installation

pip install mcp-simple-pubmed

Configuration

The server requires the following environment variables:

PUBMED_EMAIL: Your email address (required by NCBI)
PUBMED_API_KEY: Optional API key for higher rate limits

The standard rate limit is 3 requests / second. No rate limiting was implemented, as it is highly unlikely in the typical usage scenario that your AI would generate more traffic. If you need it, you can register for an API key which will give you 10 requests / second. Read about this on NCBI pages.

Usage with Claude Desktop

Add to your Claude Desktop configuration (claude_desktop_config.json):

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

(Windows)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

macOS SSL Certificate Fix

If you encounter SSL certificate verification errors on macOS (such as [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain), you need to install the proper certificate bundle:

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

Replace 3.13 with your Python version number. This script comes with Python installations from python.org.

You can also run it from the Finder:

If you perform this change while Claude Desktop is open you will need to quit it and start it again for it to take effect.

License

MIT License

{ "mcpServers": { "mcp-simple-pubmed": { "command": "docker", "args": [ "run", "-i", "--rm", "ghcr.io/metorial/mcp-container--andybrandt--mcp-simple-pubmed--mcp-simple-pubmed", "mcp-simple-pubmed" ], "env": { "PUBMED_EMAIL": "pubmed-email", "PUBMED_API_KEY": "pubmed-api-key" } } } }