Mcp Simple Pubmed

Visão geral

O que é o MCP Simple PubMed?

O MCP Simple PubMed é um servidor poderoso projetado para pesquisar e consultar a base de dados de artigos e pesquisas médicas do PubMed. Ele oferece aos usuários uma maneira eficiente de acessar um vasto repositório de literatura médica, facilitando para pesquisadores, profissionais de saúde e estudantes encontrarem estudos e artigos relevantes.

Recursos do MCP Simple PubMed

Interface Amigável: A plataforma é projetada com simplicidade em mente, permitindo que os usuários naveguem facilmente e encontrem as informações que precisam sem complicações.
Capacidades de Pesquisa Abrangentes: Os usuários podem realizar buscas detalhadas usando vários filtros para restringir os resultados com base em critérios específicos, como data de publicação, autor e palavras-chave.
Acesso a Textos Completos: O MCP Simple PubMed frequentemente fornece links para artigos de texto completo, permitindo que os usuários acessem os trabalhos de pesquisa completos diretamente dos resultados da pesquisa.
Atualizações Regulares: O banco de dados é frequentemente atualizado para incluir as descobertas de pesquisa mais recentes, garantindo que os usuários tenham acesso às informações mais atuais disponíveis.
Acesso Aberto: Como um repositório público, o MCP Simple PubMed permite que qualquer pessoa pesquise e acesse seus recursos sem taxas de assinatura.

Como Usar o MCP Simple PubMed

Visite o Site: Acesse o site do MCP Simple PubMed para acessar a interface de pesquisa.
Insira Termos de Pesquisa: Digite palavras-chave, frases ou nomes de autores relevantes na barra de pesquisa para iniciar sua consulta.
Aplique Filtros: Utilize os filtros disponíveis para refinar os resultados da sua pesquisa com base na data de publicação, tipo de artigo ou outros critérios.
Revise os Resultados: Navegue pela lista de artigos que correspondem aos seus critérios de pesquisa. Clique nos títulos para visualizar resumos ou textos completos, quando disponíveis.
Salve ou Compartilhe: Você pode salvar os resultados da sua pesquisa ou compartilhá-los com colegas para discussão ou colaboração adicional.

Perguntas Frequentes

P: O MCP Simple PubMed é gratuito para usar?

R: Sim, o MCP Simple PubMed é um recurso público e é gratuito para acesso de todos os usuários.

P: Com que frequência o banco de dados é atualizado?

R: O banco de dados é atualizado regularmente para incluir os artigos e publicações de pesquisa mais recentes.

P: Posso acessar artigos de texto completo através do MCP Simple PubMed?

R: Sim, muitos artigos fornecem links para seus textos completos, permitindo que os usuários leiam os estudos completos.

P: Que tipos de artigos posso encontrar no MCP Simple PubMed?

R: Você pode encontrar uma ampla gama de artigos, incluindo estudos clínicos, revisões, meta-análises e relatos de casos em várias áreas médicas.

P: Como posso entrar em contato com o suporte do MCP Simple PubMed?

R: Para suporte ou consultas, você pode normalmente encontrar informações de contato no site ou na seção de ajuda.

Detalhe

An MCP server that provides access to PubMed articles through the Entrez API.

Features

Search PubMed database using keywords
Access article abstracts
Download full text when available (for open access articles available directly on PubMed)

Please note that the tool returns XML-ized version of full text. It is however more useful for AIs than a "human readable" text would have been as it gives them additional information about document's structure. At least, this is what Claude 3.5 Sonnet said he prefers.

Please also note that inability of this tool and possibly other tools to deliver a paper's full text may not be due to the fact that it is not available. When testing this tool I came across a paper that did not have full text on PubMed and when Claude accessed the publication URL (which we did get through DOI) using fetch he did get a "forbidden” error. However, I was able to access the very same page using a regular browser.

In other words if your AI assistant is not able to get the full text of a paper using this tool it is worth trying manually with a regular web browser.

Finally, this tool of course can’t give you access to paywalled/paid papers. You may be able to read them through your library access or – as a last resort – through a certain site that strives to make publicly funded research freely available.

Installation

Installing via Smithery

To install Simple PubMed for Claude Desktop automatically via Smithery:

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Manual Installation

pip install mcp-simple-pubmed

Configuration

The server requires the following environment variables:

PUBMED_EMAIL: Your email address (required by NCBI)
PUBMED_API_KEY: Optional API key for higher rate limits

The standard rate limit is 3 requests / second. No rate limiting was implemented, as it is highly unlikely in the typical usage scenario that your AI would generate more traffic. If you need it, you can register for an API key which will give you 10 requests / second. Read about this on NCBI pages.

Usage with Claude Desktop

Add to your Claude Desktop configuration (claude_desktop_config.json):

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

(Windows)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

macOS SSL Certificate Fix

If you encounter SSL certificate verification errors on macOS (such as [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain), you need to install the proper certificate bundle:

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

Replace 3.13 with your Python version number. This script comes with Python installations from python.org.

You can also run it from the Finder:

If you perform this change while Claude Desktop is open you will need to quit it and start it again for it to take effect.

License

MIT License

{ "mcpServers": { "mcp-simple-pubmed": { "command": "docker", "args": [ "run", "-i", "--rm", "ghcr.io/metorial/mcp-container--andybrandt--mcp-simple-pubmed--mcp-simple-pubmed", "mcp-simple-pubmed" ], "env": { "PUBMED_EMAIL": "pubmed-email", "PUBMED_API_KEY": "pubmed-api-key" } } } }